商品券を利用した場合の課税について

【結論】
商品券は「支払手段」であって「値引き」ではありません。
そのため、課税前にマイナス（値引き）するのではなく、課税後に「商品券」として差し引くのが正しい処理です。

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【例】商品（税込）2,200円（税抜2,000円＋消費税200円）

正しい処理：

課税売上　2,200円
消費税　　 200円
受取商品券　▲1,000円
現金等　　　1,200円

→ このように、消費税額（200円）は変えず、商品券を支払方法として扱います。

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【誤りの例】（課税前に商品券を値引きした場合）

税抜価格　2,000円 − 商品券1,000円 = 1,000円
消費税　　1,000円 × 10% = 100円
合計　　　1,100円

→ この場合、消費税が200円から100円に減ってしまい、誤った処理になります。

商品券は支払手段という言葉ですっきりしました。大変わかりやすいご回答いただきありがとうございました！

このケースでは、お客さんから受け取るべき消費税２００円は、経理上そのまま残らないとだめです。
これが維持できるのなら、やりやすい方法でいいと思います。
＜参考＞
もとより、レジ設定で「商品券」項目を設定できると一発解消です。
例えば、２０００円を商品券、２００円を現金で打てると良いのです。
できないケースでは、すべて現金打ちをしておいてレジを締めてその日の合計プリントした時に、種銭を除くレジの現金と現金売上との差額が、商品券になっていれば、それがわかるように記載するなどして担当者に引継ぎし、経理していく方法もあるかと思います。
店舗規模や従業員のグリップによって現金管理のやりやすい方法で進めると良いと思います。
すみません、回答作成中に別の先生が回答されていましたが、もったいないので、掲載しておきます。

ご回答ありがとうございます。レジにクーポン券という項目があったので挑戦してみます。レジが古いのと高齢の母に説明してもなかなかうまくいかないので最後にまとめるという方法も検討できそうです。ありがとうございました！

売上値引き扱いにならなければ良いと思います。
金券のような項目で、商品券を管理できて、経理があっていれば、結果オーライにはなります。コメントは以上とします。

すみません。最後にひとつだけお願いします。売上値引き扱いにならないようにするとのことだったのですが、もし店独自の値引きでのちに戻ってこないもの　例えばポイントカードやただ値引きしてあげるなどの場合は課税前に値引きすほうがいいということですか？よろしくお願いいたします。

「ポイントが貯まったら５００円引き。とか、１コサービス」などは、よく聞くフレーズですよね。
税込１１００円のものであるときは、５００円を引いて６００円のお代をもらうケースの方が多いように、個人的には思います。
この時は、本体５４６円、消費税５４円という考え方になります。
値引きしたのは、税込５００円分なので、本体４５５円、消費税４５円ですね。

一方、税抜価格から５００円を引いてあげて、残りの本体価格５００円に消費税５０円を加え５５０円をお代としてもらっても良いとは思いますが、儲けは多い方がいいですよね。
最近では、クレームにならぬよう表示に注意すべき時代だと思います。

とんでもないです。お役に立ててなによりです。