NPO法人B型事業としてのカフェ運営が収益事業とされない場合は？

公益法人等について多くの実務経験があります。

本件、原則的には収益事業として課税される可能性が高いですが、除外規定が使えれば収益事業に該当せず申告の必要がありません。

カフェ事業は、歴史的な実務事例は、料理店業その他の飲食店業として課税が検討されてきましたが、
平成15年9月16日支援費サービス事業に係る法人税法上の取扱いについてとう文章回答事例が出て、支援費サービスは医療保健業という国税庁の見解がありました。
https://www.nta.go.jp/law/bunshokaito/hojin/030917/02.htm

その後、平成29年の国税庁質疑応答事例のNPO法人が障害者総合支援法に規定する障害福祉サービスを行う場合の法人税の納税義務についてにより医療保健業か請負業という見解がでました。
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/hojin/21/18.htm

さらに平成30年の広島国税不服審判所にてNPOのB型事業は請負業とその付帯事業という裁決が出されています。

NPO法人はいずれの見解を採用しても課税となります。

ただし、公益法人等が営む事業が収益事業に該当する場合であっても、その事業に従事する者の総数の半数以上を身体障害者福祉法に規定する身体障害者などの一定の者(以下「身体障害者等」といいます。)が占める場合であって、かつ、その事業がこれらの者の生活の保護に寄与しているものについては、収益事業に含めないこととされていますので該当すれば非課税になりえます。
https://www.nta.go.jp/about/organization/nagoya/bunshokaito/hojin/1100405/01.htm

この身体障害者等の除外規定ですが、近年の裁判例では、過半数の要件でなく生活の保護に寄与していないとして課税される例がほとんどですのでご注意下さい。