会計処理方法

資本金３，０００，０００円
が残っていれば、そのままでよい。

補足いたします。

1. 資本金は「出資額」であり、実際に現金が残っているかは無関係
資本金は、会社設立時に株主が会社に拠出した“元手”を示す科目です。
その後、運転資金として使われてなくなっていても、資本金が0円になることはありません。
※資本金は利益や損失の影響を受けません。
資本金＝出資額で固定される数字です。

2. 会計処理で資本金を勝手に減らすことは法律違反
資本金を減らすには、会社法上の「減資」手続（法務局登記）が必要です。
仕訳だけで資本金を減らすことはできず、もし勝手に仕訳で減らすと粉飾・違法処理になります。

3. 資本金300万円のままでご相談者様が会社を30万円で購入したことは問題ないです
これは株式を300万円の会社から“30万円で買った”という事実であり、
売買価格と資本金額が一致する必要はありません。
「会社の中身はほぼゼロだから安く買えた」
「株式の価値（時価）は30万円だった」
というだけの話で、会計や資本金とは別問題です。

4. どうしても資本金を下げたい場合（節税目的等）は“正式な減資手続き”が必要です
株主総会決議
官報公告
債権者保護手続
登記申請
を行い、法務局で資本金を変える必要があります。
※仕訳だけで資本金をいじるのはアウトです。

結論
資本金300万円はそのままで正しいです
資本金を消したり減らしたりする仕訳は存在しません
どうしても変えるなら法務局の減資手続きが必要です

資本金300万円が帳簿上残っている一方、実際には資金が存在しない状況は、過去の処理が適切に行われていなかったことによる 「実質的な欠損」 と考えられます。
この場合、現経営者としては、資本金そのものを減らすのではなく、過年度の損失として整理し、利益剰余金をマイナスに振り替える方法が一般的です。仕訳は次のとおりです。

〔過年度の欠損を整理する代表的な方法〕
繰越利益剰余金　300万円／資本金　300万円

これは、形式的に資本金を減額し、実態に合わせて純資産を調整する処理です。なお、税務上は過年度分として損金算入はできず、あくまで貸借対照表の整合性を整えるための会計処理となります。