マイクロ法人の役員報酬の大幅な増額と、税務上の妥当性について

結論
「1年だけ役員報酬を2,000万円にして赤字にする」設計は、税務上かなりリスクが高いです。
「利益相当額（1,000万円程度）までの増額」であれば、条件次第で損金算入が通る余地はありますが、それでも根拠整理は必須です。
問題になる本質は「赤字かどうか」ではなく、その金額が“職務内容・会社規模・同業水準”に照らして合理的かです。

理由
過大役員報酬の否認リスク
法人税法34条では、役員報酬のうち「不相当に高額な部分」は損金不算入
とされています。
税務調査では、以下を総合的に見られます：
法人の 規模・収益力
役員の 職務内容・労働実態
同業・同規模法人の報酬水準
報酬改定の 理由・継続性
法人の 資金状況（内部留保吐き出し目的か）
→「余剰資金があるから一気に吐き出す」は、典型的に否認が検討される動機です。

ケース別評価
年額2,000万円（赤字化）
利益1,000万円の会社で、報酬2,000万円＝売上・利益規模と乖離
単年度のみ
実態の変化（業務量増加など）がない
過大役員報酬として、超過部分（少なくとも1,000万円前後）が否認される可能性が高い
否認されると
法人税が追徴
個人側では給与課税はそのまま（二重課税的な痛手）

年額1,000万円（利益相当）
利益水準と整合
マイクロ法人では「利益＝役員報酬」は比較的説明しやすい
ただし
200万 → 1,000万 の急増
1年限定はやや不自然
合理的な説明資料があれば、通る余地は現実的にあるライン
税務調査で通すための最低条件（実務）

「1,000万円」にする場合でも、以下は必須です。
定期同額給与として期首決議
株主総会議事録（理由付き）
増額理由の明文化
業務量増加
会社収益への貢献
同業水準調査（簡易で可）
単年度で終わらせない設計
少なくとも「数年継続予定」と説明できる形
（※実際に翌期下げる場合でも、当初は継続前提が重要）

単年度のみ役員報酬を2,000万円に増額して赤字化する場合は過大役員報酬として否認リスクが高く、1,000万円への増額であっても職務内容・同業相場・継続性等から合理性を説明できなければ安全とは言えず、税務上は「業務内容に見合い、継続的かつ第三者基準で妥当な水準」であることが重要でございます。