転勤に伴う個人契約している賃貸料の解約金

　一般論では、税法上の非課税規定が無い限り、従業員としての立場の者に対して、使用者が金員を支給した場合には、給与とするのが一般的です。
　今回の例は、「業務命令による損害の実費補填」という側面があるものの、税務上は原則として給与課税（非課税とは認められない）と判断される可能性が極めて高いですよ。
　契約当事者が「個人」であるため賃貸借契約の当事者はあくまで従業員個人です。解約違約金は「個人が負うべき債務」であり、会社がそれを肩代わりして実費精算することは、税務上「従業員の個人的な債務を会社が免除・負担した（＝経済的利益の供与）」とみなされ、給与（手当）扱いになるのだと思います。
　所得税法第9条により、転勤に伴う「通常必要な旅費・移転料（引越し業者の費用など）」は非課税と規定されています。しかし、過去の国税不服審判所の裁決や裁判例では、個人契約の住居に係る「礼金・仲介手数料」や「退去時の解約違約金」は、移動そのものに要する費用ではないため、非課税となる「移転料」には含まれず給与課税が適当であると判断されていたはずです。
　理不尽に思えるかもしれませんが、従業員で無ければ負担しないわけですから、会社と従業員の立場によって支払われる”何か”は、給与なのです。

ありがとうございます。大変参考になりました。

参考になれば幸いです。よろしくお願いいたします。

これは給与課税になるのでしょうか？

なる。
業務命令による実費精算にすぎないので経費精算同様で、労働の対価ではないので給与課税はおかしいと思うのですがいかがでしょうか？
いいえ、経済的利益でしょう。

ありがとうございます、大変助かりました。