帳簿はいつまでつける？

個人事業の場合には、1/1から12/31までが課税期間となりますので、12/31までをその年分として記帳し決算数値を締めることになります。

確定申告できる期間が3月15日？までとかだった気がするのですが、年明けてから3月までのは30年度分？として入れないということであってますか？

はい、平成30年分は30年12月31日までの記帳になります。
年明け1月以降は31年分になります。