不動産収入、「居住用と非居住用」について

私の分かる範囲で記載させて頂きます
参考になれば幸いです

ご質問には、消費税の課税取引と納税義務の免除の事と拝見します。

まず、消費税の納税義務の免除については、次のように定めています
「その課税期間（その年）に係る基準期間（２年前の年）における課税売上高が1,000万円以下の場合には、その課税期間の納税義務が免除されます」
詳しくはhttps://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shohi/6121.htm参照

上記のよう、課税売上高1,000万円以下として、基準は課税売上高（経費を引く前の収入すべき金額の全額）となります。

次に、課税売上高はご質問の内容からであれば、「非居住用店舗・事務所などの賃料」が課税売上高となります、当然消費税もその全額に対して課税されます。
（居住用については非課税とされていますので）

>②賃貸「募集」に出してない収益物件、建物の減価償却費は経費として認められますか?

状況が定かでありませんが、賃貸に供していなければ必要経費としては認められないと考えます。只、現在修理中等の事情により一時的に貸せないのであれば別ですが・・・

>もし自己所有物件は事務所として使う場合は、家賃はゼロでも、減価償却や経費認められますか?

不動産業として、事務所を有していて看板等を掲げているのでしたら、その部分は経費として考えられると思います。

いずれのご質問も詳しい状況が不明ですので、状況により判断が異なる事をご了承ください。

尚、質問の理解が間違っていましたらご容赦ください。
では、参考までに