従業員に会社の車を有料で貸す場合。

従業員に会社の車を月1万円で貸しています。1万円は給料から天引き。
（自動車税、任意保険、車検代は会社で支払っている。従業員が払うのは車代月1万円、ガソリン、オイル交換、タイヤ代。）


貸しているのは、その対価として、10,000円を受け取っています。
利益です。
利益については、法人税の対象になります。（相談者様は法人と考えました）

この1万円は会社としては売り上げとして扱って、所得税、法人税など発生するのでしょうか？


給料からの天引きは、違法になる場合があります。そこを注意してください。労働基準法違反となります。