所定労働時間について

所定労働時間とは、あらかじめ就業規則や雇用契約で定めてある労働時間で、残業や休日労働は含みません。
週24時間が、所定労働時間になります。

では、半年後にもらえた有給で5日ではなく10日もらえたのはなぜなのでしょうか?(週3,週24時間が所定労働時間です)

労働基準法では5日与えれば良い事案です。

ただ、労働基準法は最低限の基準であり、就業規則がそれより有利ならば、就業規則が優先されます。
また、半年後はともかく、次回からは、全社員に毎年一定の日（例えば毎年4月1日）に一斉付与の調整のための場合もあります。

個別企業の例で、なぜといわれても答えに窮します。
割と小さい企業だと、単に知識不足で、問い合わせたことによりミスだったから5日に訂正しますと言われても困るので、対処がしずらいです。

仮に10日使った後に実は間違いで5日でしたので、その分を給料から差し引かせて頂きますといわれることはありえるのでしょうか?

どの様な対応になるのか私には分かりません。

年次有給休暇だったと思っていたが、その計算が誤りだとしたら、その日は労働していないのですから払わなくてもいいかもしれないが、他方、有給休暇○日と連絡を受けたとしたら、信義則になり、安易に撤回できない可能性もある。
裁判やるならともかく、一番ありそうなのは、他の労働日を設定して、その日を働くのが良いような気はします。
税理士は、税金のプロですが、本件の事案は税金のことではないので、そこまでの知識はありません。あくまで専門外の者の私見だとご理解ください。