連結法人税個別帰属支払額の扱いについて

①個別帰属支払額というのが何を指しているのかわかりませんが、個別帰属額であれば連結子会社に帰属する法人税等のことです。
これを親会社が受け取っているのであれば、子会社が負担すべき法人税等になると思いますが、そもそもこれを親会社に支払わなければいけないという税法上の規定はありません（正確には平成22年度改正で寄附金や受贈益のみなし規定が廃止された）ので、どういう主旨の支払いなのかは会社内でご確認ください。

➁税法上の問題ではありませんので確定的なことはわかりませんが、消滅時効にはならないと思います。
より詳細なことは弁護士にご相談ください。

連結納税をされている会社であればグループ内の規定などがあるはずで、その規定に則って処理をされているのでしょうから、そもそもこのコーナーで質問すべきことでなく、会社内でお聞きになるべきことだと思いますし、会社内でなければわからないことです。