健康保険（任意継続）の払込や口座引き落としの場合の適切な方法が知りたいです

税理士の大野です。

税金に関する相談というよりは、普段の経理事務の相談という認識で回答します。

・事業用口座Ａ（屋号付き）
・事業用口座Ｂ（屋号無し）
・プライベート口座Ｃ
このうちＡとＢの２つの通帳をご商売用として使っていくという理解で回答すると、健康保険料の引き落としはＣのプライベート口座にされてはどうでしょうか？

理由は、ご質問の健康保険料が個人の所得税の確定申告で経費にならないためです（※）。
事業用の通帳に経費にならない入出金が混ざると、日々の記帳などの経理事務が煩雑になります。
なるべくご商売と関係ないものを外し、スマートな事業用通帳を構築されることをオススメします。

※経費にはならないものの、社会保険料控除として所得税の計算上差し引くことができるのご注意ください。

承知いたしました。
すごく分かりやすくご説明頂きありがとうございます。
すごく参考になりました。

引き落としはプライベート口座にしようと思います。