給料支払報告書未提出の件

住民税に関しては、会社が給与支払報告書を提出してくれないことには事は動きません。
税務署に対する源泉徴収事務、また、健康保険や厚生年金、雇用保険の手続きもできていたのか不安ですね。
給与明細がない、定額支給ということなので、会社としては外注費や業務委託費として処理している可能性もありますね。
当初の雇用契約から順を追って整理していく必要があると考えます。
そうなると弁護士さんを中心にして、一つずつ解決していくのがベストではないでしょうか。
よろしくお願いいたします。

区役所が責任をもって対応すべき問題ですので、区役所の方の「会社と話した方がいい」という対応が問題かと思われます。ご質問者様が責任を問われる可能性は無いと思いますが、念のため相談した日時、対応した方のお名前などを控えておいたほうが良いかもしれません
地方税法に「給与支払報告書等の提出義務違反」が定められていますので、事実が明らかになれば会社が処罰されることになると考えます

ありがとうございます。
社会保険は保険証を貰っていたので入ってたかと思います。
1度区役所に相談して、弁護士さんに再度確認します。