黒字の自営業の住民税の計算

以下の様になります。(青色申告の場合)
収入金額-経費-青色申告特別控除額55万円(電子申告の場合は65万円)=事業所得金額
事業所得金額-所得控除額(基礎控除額43万円を含む)=課税所得金額
課税所得金額x10%(定率)=住民税額

1度期限内に商工会議所から確定申告提出しましたが期限後に間違いがあり修正申告します。この場合の控除は55万ですか？それとも65万ですか？

期限前の申告が電子申告であれば、65万円になります。そうでなければ、55万円です。

商工会議所から確定申告提出する場合というのは電子申告になりますか？

自分で電子申告(e-tax)をしていなければ、電子申告にならないと思います。

自分で電子申告(e-tax)をしていなければ、電子申告にならないと思います。これは電子申告したいと税務署に何か書類を提出しないといけないですか？

電子申告をするためには、納税者が利用者識別番号を取得する必要があります。取得方法は「電子申告・納税等開始（変更等）届出書」を税務署に提出するだけです。提出方法は「e-Taxのサイトからオンライン申請」か「書面で提出（窓口、郵送）」の2つから選べます。

今月20日に電子申告・納税等開始（変更等）届出書を税務署に提出したら今年からの確定申告の控除が65万になりますか？それとも来年からですか？

65万円の控除は、原則として確定申告の期日までに申告書を送信した場合になります。来年の確定申告からになります。