海外転出&外国雇用クルーズ船勤務の場合の所得税はどうなりますか？

「居住者」は、居住国で課税されるという大原則がありますので、「居住者」であるか「非居住者」であるかは必要な判定となります。

我が国の所得税法では、「居住者」とは、国内に「住所」を有し、または、現在まで引き続き1年以上「居所」を有する個人をいい、「居住者」以外の個人を「非居住者」と規定しています。
「住所」とは、「個人の生活の本拠」をいい、「生活の本拠」かどうかは「客観的事実によって判定する」ことになります。
したがって、「住所」は、その人の生活の中心がどこかで判定されます。なお、住民票があるかないかはこの判定に影響しません。

そこで、「船員」の場合は、日本にいる期間が少ない場合が多いので、所得税基本通達3-1により判断することになっています。
したがって、「勤務外の期間中通常滞在する地が国内にあるかどうかによる」ことになり、この通りなのか(通常滞在する地が国内にあるかどうか)どうかで判断します。つまり、家が物置になっているかどうかは判断材料にはなりません。また、「通常滞在する地」ですので、バケーション期間は除きます。

そもそも、所得税基本通達3-1は、居住者か非居住者かの判断ですので、どこの国の会社に勤務しているかどうかはその判定に影響しません。

ご回答ありがとうございます！大変助かります。
「勤務外の期間中通常滞在する地が国内にあるかどうかによる」について、
私の場合は、
「勤務外の期間中」に滞在する場所 = [勤務外の場所はアメリカの港]または[バケーションの2ヶ月間に過ごす場所]になるのですが、「通常滞在する地」という意味合いの解釈が難しく、
この場合、「バケーション2ヶ月で過ごす場所」が例えば「フルで2ヶ月日本」であれば、「通常滞在する地」として考えられるのでしょうか？
それとも勤務外の時間をいつも過ごす場所であるアメリカの港が「通常滞在する地」になってくるのでしょうか。
「客観的事実によって判定する」という法律の書き方の部分が非常に曖昧で悩んでいます...

また、こちらの非居住者かどうかの判定はどの時点で判断されるのでしょうか、事前に税務署に申請しておくべきことになるんでしょうか。

複雑な状況にサポートいただきありがとうございます。よろしくお願いいたします。

「通常滞在する地」というのは、「勤務以外では、特段の事情がない場合（これを「通常」といいます）はどこに居ますか」という意味ですので、バケーションしかしていないというのは特段な状況であると思われます。
勤務時間以外には（バケーションを取らないと仮定すると）、アメリカの港に常駐しているのであれば、アメリカに「居所」があるということになり、アメリカに滞在しているものと解するのが妥当だと思われます。

なお、居住者かどうかは「客観的事実により判定する」のであって、事前に税務署等に届出することにより判定されるものではありません。

とてもわかりやすく教えてくださりありがとうございました。
大変勉強になりましたのでベストアンサーに選ばせていただきます。
ご丁寧に説明いただきありがとうございました。