得意先との消費税の差異

弊社の販売ソフトと消費税の差異が発生します。

ソフトに入りょきじに訂正ください。

この場合、先方に合わせて入金処理をした場合、1円は過入金で雑収入処理するのでしょうか？別な方法で処理なのでしょうか？何卒ご教示願います


記載は先方に合わせると書いていますが、
専用請求書を使って請求書を提出する様に指示

で、請求書を出すのは、相談者様です。
自分が出す請求書と合わせてください。
雑収入ではないです。
入力の都度合わせる必要があると思います。

インボイスを発行するのは貴社なのに、得意先から貴社が発行するインボイスの消費税額の端数処理を指示されるのことが理解できません。
いずれにしましても、インボイス後の仕入税額控除の計算は受け取ったインボイスに記載された消費税額の積上げ方式になるため、貴社の販売ソフトと発行するインボイスに記載する消費税額は一致させる必要があります。
雑収入処理という単純な経理上の話ではなく、得意先と話し合いをして解決すべき話です。