返品値引などがあった場合の消費税

質問1　その解釈でおおむね問題ありません。
　原則としては、課税売上に係る消費税額から対価の返還に係る消費税額を控除する方法であり、会計ソフト上では税区分を選択する際に対価の返還の区分を選択します。申告書上では②と⑤で総額で記載されます。
　一方で、容認処理としては、課税売上の金額から対価の返還の金額を控除する方法であり、会計ソフト上ではご質問のとおり売上のマイナスを行います。申告書上では①課税標準額が対価の返還の金額がネットされた金額で記載され、②のそれに係る税額もネットされた金額で集計されます。


質問2　仕入取引を行った日の意味合いになります。
12－1－10の（１）は、あらかじめ計算方法が決まっているため、自社で仕入割戻の金額が算定できる場合のことを指し、（２）は計算方法が不明なため、先方の通知を受けるまで仕入割戻の金額が不明な場合のことを指しています。
そのため、（１）のいう「資産の譲渡等を受けた日」とは、割戻を受けた日ではなく、割戻の対象となる仕入を行った日となります。

法人税法の方がわかりやすい表現ですが、
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/hojin/02/02_05.htm

仕入割戻の対象となる取引を行った日の属する事業年度の損益に反映させることになります。