インボイス免税事業者で少額取引の個人事業主へ、消費税分を抜いた金額をお支払いできるのですか？

消費税分をお支払いしない、っていうことがそもそも対応できるのでしょうか？

相手との契約の問題です。
税法の第〇条で決められたことでしょうか？

上記はそのような条文は一切ない。互いの契約です。
中小企業庁などは、100％消費税を減額を求めることは、違法という考えの様です。

仮に請求額が税抜10万円だとして、国内事業者であれば税込11万円になるかと思います。この場合消費税分の1万円が差し引かれて税込み10万円になるということでしょうか？

契約でしょうそうなら、100,000円に10/110*100,000円の消費税が入っています。

「相手との契約の問題です。」

→そのような契約はまだ締結しておりません。
契約は締結しなければなりませんでしょうか？

話し合いも契約の一種です。
互いの合意です。
どうするかの。