消費税の別記入力が実務上問題となるか

消費税欄を別記設定にする事により一つの行で「金額欄:1,200,000」「消費税欄:別記100,000」とすると消費税の申告で支払対価の額（税込）を正確に集計出来ず問題となったりしますか？


特に問題にはなりません。

もっと言うと課税だけでも別記入力すると端数ズレが生じて帳簿積上げ計算のルールによる仮払消費税と仕訳の仮払消費税との差異が出てしまうなどの問題になりますか？その端数ズレが支払対価の額（税込）のズレになったりしますか？


どちらも問題にはなりません。

消費税は切り捨て、四捨五入、切り上げのいずれの処理も認められています。企業によってどれを選択しても可能ですが、継続適用することとされています。
そのため、請求書等で支払う場合に、相手先によって消費税の端数処理が変わることがあります。
会計システムで処理をする際に、税込み入力で機械内分離の消費税が表示されると思いますが、それが請求書と1円差額がでていたとしても特に問題にはならないとされています。
消費税は最終的に仮受消費税－仮払消費税で納付することになりますが、計算結果は100円切りになります。

端数処理により誤差が発生するが、それは許容範囲と考えられています。

課税仕入1,100,000(本体1,000,000+消費税100,000)と非課税仕入れ100,000を足して、消費税欄を別記設定にする事により一つの行で「金額欄:1,200,000」「消費税欄:別記100,000」とすると消費税の申告で支払対価の額（税込）を正確に集計出来ず問題となったりしますか？


会計システムにもよりますが、税込の課税仕入れが120万と認識される可能性があり、問題になると思います。

消費税申告の適正化は、会計システムの正しい入力と集計にかかっているため、イレギュラーな入力は、会計システムによっては問題となりえます。

ご質問者様のご認識の通りです、会計システムの理解に基づく入力が適正な税務申告にとって必要となります。