消費税の区分

同額でない場合、総額を雑収入、水道光熱費でそれぞれ課税仕入、課税売上でするのがオーソドックスな方法ですね。
差額で処理しても売上等５０百万を超えるか超えないか、といったボーダーで無ければ税額に影響は無いのかとは思われますが。

不課税取引で問題ないと思います。

テナントから領収するビルの共益費
https://www.nta.go.jp/law/zeiho-kaishaku/shitsugi/shohi/02/22.htm

ご回答ありがとうございます。
差額が小額なら不課税として良さそうですが、徴収しすぎた金額が5万を超えてました。
これを不課税として問題とならないか心配です。

やはり、総預り金額を課税売上とし、水道局に支払った総額を課税仕入れとした方がよいでしょうか？

はい、原則通りが宜しいのかと存じます。こちらの質疑応答通りとなりますね。課税売上、課税仕入れです。


テナントから領収するビルの共益費

【照会要旨】

　ビル管理会社等がテナントから受け入れる水道光熱費等の共益費等は、いわゆる「通過勘定」という実費精算的な性格を有することから、課税の対象外としてよいでしょうか。

【回答要旨】

　ビル管理会社等が、水道光熱費、管理人人件費、清掃費等を共益費等と称して各テナントから毎月一定額で領収し、その金額の中からそれぞれの経費を支払う方法をとっている場合には、ビル管理会社等が領収する共益費等は課税の対象となります。
　また、水道光熱費等の費用がメーター等によりもともと各テナントごとに区分されており、かつ、ビル管理会社等がテナント等から集金した金銭を預り金として処理し、ビル管理会社等は本来テナント等が支払うべき金銭を預かって電力会社等に支払うにすぎないと認められる場合には、当該預り金はビル管理会社等の課税売上げには該当しません。

【関係法令通達】

　消費税法第2条第1項第8号、基通10－1－14

不課税で問題ないと思います。
徴収しすぎであれば、入居者の次回の水道代で調整もありと思います。

過徴収分は返還、調整するなら不課税でよさそうですね。

返還、調整しないかもしれないので、その場合は納税額が増えますが、原則的な方法にします。

通過勘定なので、通常、預り金、立替金等の科目で整理し、損益が生じないことを月次で確認していく、といったことをされますね。事後的に精算、とすれば、課税、不課税を事後的に選択できることになりますから。
例外的に容認されるものを、拡大解釈されても良いのですがその場合は、申告される方に税務リスクが生じますね。というのが一般的な解釈です。

通過勘定としても、多少の差額が出ることは、一般的な事象と思います。
全体を判断しての不課税取引で、この差額に注目することはないと思います。