父がアパート経営をしていて家賃収入の申告漏れが長年ありその対応について相談があります。

方法は次の２つかと思います。
１　税務署の指導に全面的に従って追加納税する。
　　この場合は、税理士の費用はかかりませんが、結果として不利なことも受け入れてしまうことになりかねません。
２　税理士に委任して対応してもらう。
　　費用はかかりますが、税務署との交渉は税理士が代理してくれますし、交渉をできるだけ有利に進めてもらえるかと思います。

何を準備したらよいのか、気を付けることなど税率など教えてほしいです。

⇒調査対応に近いものなりますので、簡単にお伝えすることは難しいです。
　個別に税理士と契約されて相談されることをお勧めします。税理士に依頼するのであれば、税務署での面談前になさることがよろしいかと思います。
　なお、長年申告していなかったとしたら、本来の税金に加えて加算税や延滞税もかかることになります。

回答ありがとうございます。
税務署の指導に全面的に従って追加納税することを私としては考えていたのですがだいぶ不利になるのでしょうか？
アパート経営は3棟と小規模なので税理士に委託した場合の費用を考えると判断が難しいです。
あと、税務署に電話予約をする際に前もって揃える必要なものを聞いたのですが過去5年分の（平成30〜令和4年）確定申告、年金源泉徴収票、固定資産税、不動産収入（月別、管理費）で宜しいでしょうか？

不利なる場合があるということであって、常に不利なるとは限りません。
　内容次第かと思います。
　おっしゃる通り判断は難しいと思います。
　先ずは、指導された書面を揃えることかと思います。必要があれば追加もあるかと思います。