１円も貰っていないのですが譲渡所得税を払うことになりますか？

　ご理解のとおり農地法による移転の許可があった場合には、その農地の譲渡があったこととなり、譲渡所得課税の対象となります。
　譲渡所得金額は、売買代金の5％相当額が取得費とすると売買代金のおよそ95％相当額となります。この金額の20.315％相当額（所得税住民税の合計額）が税額になります。
　農地を相続する者にこの納税義務が発生しますので、受取り済みの代金（少なくとも税金相当額）も相続しないと持ち出しになってしまいます。

　追加です。税率の20.315％は土地の保有期間が5年超の長期譲渡を前提にしていますが、短期譲渡であった場合には39.63％になります。
　短期、長期の判定等は国税庁HPタックスアンサーNO.1440を参照してください。

ありがとうございます
金銭の相続がなかったので高額な持ち出しになりそうです。。。

当初の売買代金の証明ができれば少しは損害を減らせそうなのですが、
売買契約書は見当たりません
他にどのような証明の方法がありえますか？

農地の場合の譲渡の時期は、①と②の早い方になります。
①引渡し日（農地法の許可日）
②代金全額受領の日
ただし、契約日を選択することができます。

その「譲渡の時期」は譲渡所得課税が発生するタイミングにも影響しますか？
短期譲渡か長期譲渡かのお話のみでしょうか

譲渡所得税が発生するタイミングも影響するのであれば
代金全額受領の日が相続の前になるので、
父がこの税金を払ってくれていることになり助かるのですが。。。

短期譲渡か長期譲渡のみに影響するのであれば、
短期譲渡になりそうなので税金払えなくて詰みます

取得の時期から譲渡の時期の間が所有期間になります。
長期とは、譲渡の年の１月１日で所有期間が５年を超えている場合。
相続では、被相続人の取得の日を引き継ぎます。
（注）特殊なケースですが、限定承認という相続では、取得の日を引き継ぎません。

代金を全額受領したのが被相続人の生前だとすると、被相続人の確定申告と納税が必要になります。
仮に、申告していなければ、被相続人の申告・納税の代行を、相続人が求められることになるでしょう。

ありがとうございます
代金が全額支払われたのも亡くなったのもかなり前の話になります

これから農地法の許可を得て本登記するので、
私に高額な譲渡所得税が発生するのかと怖がっていました

となると怖がる必要はなさそうですね
本当にありがとうございます

最後に、質問の問題文の事実関係が変更されています。
先に回答されている先生方は、それまでの事実関係に照らし合わせ、的確なご回答をされていても、追加事実が気になりました。
貴殿がすでに課税関係を理解されているかもしれませんが、事実関係を時系列がわかるよう整理し、新規に再質問されても良いかと思います。
貴殿が考える同じ回答かもしれないですが、「譲渡代金はそこそこ大きく」という一言がありましたので、念のためコメントしておきます。

すみません、事実関係を変更や追加したつもりはありませんでした

時系列的には

１　父が土地を購入、取得金額は不明
２　その数年後、父がそこそこ大きな代金で農地を売却、代金全額受領、仮登記設定
（ここまでが数十年前）
３　相続が発生
４　近々、農地法の許可を得て本登記を行う予定だが、これで所有権が移転するので
　　ここで２の売買の譲渡所得税が発生するのか？払うお金は相続していないので困ったことになった

という流れです
読み直しても事実関係を追加した部分がわからないのですが、
どこが説明まずかったでしょうか