持続化給付金の売上台帳の書き方について

会計処理基準では発生主義を採用していますので、報酬が入金になった時ではなく、その報酬を請求（請求する権利が確定）したときの売上に計上することになります。

知らないうちに入ってきた場合はどのようになりますか？(請求などしてない場合)

請求しない場合てあっても１か月分の収入を貰える権利が確定した時点で売上を計上することになります。
例えば、月額報酬が予め契約で決まっているような場合、月末で権利確定になると思います。