合同会社の社員において、報酬を完全歩合制にするのは可能でしょうか？

・この報酬のやり方は可能でしょうか？もし無ければ、似たようなやり方はありますでしょうか？

→可能ですが、報酬を支払うということは実質的に業務執行社員に該当すると考えられ、その場合は法人は当該社員2名に支払った報酬は損金不算入になります。
上記の通り、損金不算入にはなりますが可能なので似たようなやり方というのはありません。

・この歩合制のやり方であれば、株式会社の方がいいでしょうか？

→株式会社は経営と所有（出資）が分離していますが、株式の保有割合によっては税法上のみなし役員とされますので、その場合は上記と同様に法人は損金不算入となります。
なお、3人で設立した場合は合同会社であれ株式会社であれ同族会社になります。

法人税法上の役員の範囲は以下をご参照ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5200.htm

個別具体的に検討を要するためネット上での回答は限界がありますから、直接税理士にご相談いただいた方がよろしいかと思います。