医院開業までに使用した費用についてです。

所得税法上の開業費は、事業所得等を生ずべき事業を開始するまでの間に開業準備のために特別に支出する費用をいい、具体的には、チラシ印刷代やＷｅｂサイト作成費、書籍などの資料代、オフィスの契約関連費用、名刺や印鑑などの購入費などがあります。
ご相談の内容では開業まで3年以上もあるとのことですので、今から購入する不動産に関する諸費用を開業費と考えることは無理があると思います。
似たようなケースが過去、国税不服審判所において争われており、次のような結論が下されています。
『借入金で取得した事業用資産をめぐって、事業開始日前までに支出した借入金の利子が「開業費」にあたるか否かが争われていた事案で、国税不服審判所は「開業費ではなく建物の取得価額に算入すべきである」と判断した。』（平成11年6月28日裁決）

ご参考になれば幸いです。