合同会社に貸し付けている資本剰余金の一部を増資に充てるためにはどのような手続きが必要でしようか？

株式会社化して信用を高めたいと思っております。

→合同会社の増資と株式会社への組織変更は別の手続きです。
組織変更については司法書士の専門になりますので、司法書士にご相談ください。

まずは増資をしたいのですが、既に不動産の頭金等のために振り込んだ貸付金の一部(資本剰余金)を出資金に当てることは可能でしょうか？

→文脈がよくわからないのですが、法人から見てご質問者様からの借入金を資本剰余金に振り替える債務の株式化のご質問でしょうか？
既存の出資者がご質問者様一人で、貸付金（法人から見て借入金）もご質問者様一人であればみなし贈与等税務上の問題はないと思います。

不動産購入時に、頭金と諸費用のため、社長の個人名義で、法人口座に2000万円振り込み、今は預け替えとして銀行に預金されています。

→こちらも文脈がよくわからないのですが、法人に貸付けた資金で法人名義で購入したのではないのですか？単に2,000万円を貸し付けてそれがそのまま法人の預金口座に残っているということですか？
不動産の購入が誰で、このことと2,000万円を振り込んだ関連がわかりません。

このうち、400万円を出資金として増資に充てるために、一旦返済して個人口座に移し、再度法人口座に振り込むなどの作業は必要でしょうか？

→こちらも文脈がよくわからないのですが、貸付金（法人から見て借入金）を資本剰余金に振り替えるのか、それとも2,000万円の貸付金が法人預金にそのまま残っていて、その預金から貸付金を返済してもらいその資金で増資するということですか？
貸付金の返済資金で増資をすれば、単にご質問者様による金銭出資に過ぎません。

先に記載しました通り、増資前も増資後も出資者がご質問者様一人であれば税務上の問題は生じないと考えられますので、金銭によるものか借入金による現物出資によるものかに関わらず、司法書士にご相談いただいた方がよろしいかと思います。

ひとつ失念していました。
増資前が税務上の債務超過で出資の価額が0円の場合、法人から見た借入金を資本剰余金に振り替えると、税務上は債務消滅益が計上され法人税課税となる可能性があります。
こちらは、具体的に財務内容などを見ないと断定できません。

前田先生
早速のご回答、ご指摘ありがとうございました。

今回の相談は増資の手続きです。

法人の出資者は代表社員の本人のみの一人法人です。

また、貸付も本人のみからです。正確には登記上の出資金以上に負担しているので貸付として扱っています。

不動産購入の際に、諸費用、預け替え等不足費用として2000万円を代表社員本人から法人口座に振り込みました。

預け替え含むので、法人口座には預金(400万円以上)が残っています。

この状況で400万円の増資をする場合の手続きでは、預金を動かす必要はありますか？

さらに説明不足があればご指摘ください。
よろしくお願い申し上げます。

すみません。
追加でご記載いただいた内容でもよくわからないのですが、法人への貸付金残高はいくらなのですか？
法人口座に残っている400万円は、貸付（法人から見ると借入）2,000万円の残金なのですか？
法人口座に残っている400万円が貸付金（法人から見ると借入金）の残金であれば借入代り金に過ぎず、貸付金（法人から見ると借入金）を資本剰余金に振り替えるのに、その預金を動かす必要はないと思います。
また、追加で回答しましたように借入金の資本への振替えは現物出資になりますので、税務上の債務超過であれば法人側で債務消滅益が発生しますから、具体的な内容で判断する必要があります。
こちらのコーナーで十分な説明は不可能と思いますので、直接税理士等の専門家にご相談された方がよろしいかと思います。