2年前の過去分の修正申告（修正仕訳について）

修正申告とは売上計上漏れ等で所得を過少に申告していた場合の手続きですが、ご記載の仕訳は本来計上すべきものでなかったということですか？その場合は、所得を過大に申告していたことになりますので更正の請求という手続きになります。
荷造運賃、支払手数料は費用科目、売上高は収益科目で各年で完結するものなので修正仕訳というものはありません。
当座預金は資産科目ですが、3,400というのは本来計上すべきものではなかったということでしょうか？
申し訳ありませんが、何をどのようにされたいのか文面からはわかりません。
また、ご質問者様は個人ですか？法人ですか？

疑問点が多い中、丁寧にご回答いただき誠にありがとうございます。

◯ご記載の仕訳は本来計上すべきものでなかったということですか？
→仰る通りです。

◯当座預金は資産科目ですが、3,400というのは本来計上すべきものではなかったということでしょうか？
→仰る通りです。
→事業外(プライベート用)に入ったお金はそのまま事業用の資金にしておきたいと考えております。

◯ご質問者様は個人ですか？法人ですか？
→当方は個人事業主でございます。

他に不明点ございましたらご指摘のほどお願いします。

所得の過大申告であれば、先の回答の通り更正の請求です。
詳細は以下をお読みください。
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/01.htm
更正の請求は、一旦納めた税金を払い戻す手続きなので、当然に税務署で審査されます。なお義務ではありませんので、するかしないかは納税者の判断です。

そのまま事業用の資金にしておきたいのであれば修正仕訳はありません。
なお、更正の請求をして納め過ぎた税金が戻ってきたときは、（借方）預金／（貸方）事業主借と仕訳します。