支払利息について

＞この金額は相殺しないものなのでしょうか。
　⇒　ご質問の内容がよくわかりませんが、長期借入金を「返済」している場合は、長期借入金の年末残高は減少していきます。

　　　例えば、毎月の返済額が利息込みで15万円の場合（利息が1万円としたとき）仕訳は
　　　長期借入金　14万円　/現預金　1万円
　　　支払利息　　　1万円/　　　　　　　　　　となります。

　　　このように、「長期借入金」は貸借対照表上「貸方」に計上されていますので、返済時に返済した額を「借方」に計上することで、長期借入金の額は減少していきます。

　　　もしも、貴方が「経費」とする支払利息だけ仕訳（経費）をしたならば、当然「長期借入金」の残高は減少しないことになります。

再度申し訳ございません。
MFクラウドで仕訳しております。

50,000円の返済分として
利息5,000円の場合

借方　　　　　　　　貸方

長期借入金　50,000 / 普通預金　55,000
支払利息　　5,000

と入力しておりまして、
おっしゃる通り
長期借入金の残高は減っており
金額も合っているのですが

支払利息という科目の金額が
累計されて
最終
期末残高に残ってしまい

このまま来年に繰り越す金額になって
いるのですが
この部分が不明です。

＞期末残高に残ってしまい
　⇒　貸借対照表上に残ってしまうということですか？
　　　当該「支払利息」の勘定科目は「損益計算上」の「経費」に区分されるため、年間に支払った額が集計（累計）して損益計算上に計上（表示）されますが、「翌年に繰り越される」ことはありません。

　　　システムの設定が、支払利息の勘定が「貸借対照表」に設定されていませんか？損益計算書の方の設定（科目番号）が別途ないでしょうか？
　　　個人の方の場合「受取利息」が貸借対照表に設定されている（本来は「事業主勘定」）ことはありますが、支払利息が貸借対照表に設定されているケースは経験がありません。

　　　システム会社に確認された方がよろしいかと考えます。