開業して初めての年末調整について

ご質問の「6ヶ月以上」という要件は、青色事業専従者給与を、ご主人の事業の経費として認めてもらうための条件であって、「年末調整ができるかどうか」とは別のルールになります。

① 今年の奥様の位置づけ
今年は 11〜12月の2か月だけご主人のお店を手伝っているとのことですので、今年分については 青色事業専従者の要件（“その年を通じて6ヶ月超専ら従事”）を満たさず、ご主人の側では 青色専従者給与として経費に入れることはできません。
ただし、奥様が受け取ったお金自体は、奥様の側では「給与」として扱うのが原則です。

② 年末調整が必要かどうか
年末調整が必要かどうかは、
「その年の主な勤め先（主たる給与支払者）はどこか」
「その会社で年末時点も働いているか」
で判断します。

今年については、11月以降はご主人のお店から給与を受けている
それ以前のアルバイト先は、年末時点では辞めている可能性が高い
のであれば、ご主人のお店が“主たる勤務先”になり、そこで奥様の年末調整をするのが基本です。

その場合は、今年前半のアルバイト先から「源泉徴収票」をもらい、
それをご主人のお店に提出して、前半アルバイト＋後半ご主人の店の給与を合算して年末調整という流れになります。

③ もしご主人のお店で年末調整をしない場合
ご主人のお店がそもそも源泉徴収をしていない
給与支払額がごく少額
事務負担等の理由で年末調整まで行わない
といった場合には、奥様ご本人が、翌年に確定申告で「2か所分の給与」を合算して申告するという方法でも対応可能です。

④ 来年以降について
来年以降も、奥様が年間を通じてご主人の事業に専ら従事する形であれば、
実態を整えたうえで青色事業専従者として要件を満たす年から
青色専従者給与＋年末調整という形となります。

事業専従者の６月の規定については、青色の場合には「従事可能期間の半分以上」従事すれば良い事になっています。白色の場合の絶対に６月以上とは違うのです。
なので、前職分の給与の金額に専従者分を加えた額で年末調整をしてください。