確定申告書の再提出

受付印を押してもらうための申告書再提出はできません。
窓口で何も言わないで、申告書を提出すると期限後申告として受け付けられますが、後に期限内申告書を提出していることが判明し、面倒なことになります。
そもそも、期限内申告書を提出していて申告期限を過ぎてから提出するものは、申告内容が異なる修正申告書または更正の請求書です。

控えの受付印をもらうのはどうすればいいのでしょうか、、？

あと再提出の場合、確定申告書に貼り付けた国民健康保険料のハガキや源泉徴収票などの貼り付けはまた必要なのでしょうか？

提出時に控えを提示しなかったのであれば、受付印は事後ではもらえませんが、嘆願事案として税務署に照会してみてください。
同じ内容の申告書の期限後再提出はありえません。
先に述べた修正申告書、更正の請求書であれば、期限内申告書に源泉徴収票を添付していますので、再添付は不要です。

税務署に確定申告書を持って行った時に控えを持ってきていたかどうかの記録はあるのでしょうか？

そのような記録は、ありません。

そしたら、一緒に持って行っていたけど確認したら押されていなかったと言ったらだめでしょうか？

申し訳ありませんが、嘘はだめです。