株の収入について

①青申の赤字は考慮されないのでしょうか?

青色申告の赤字は事業所得がマイナスということです。また株の収入は譲渡所得（分離課税）となります。株の収入は分離課税となっており、この収入は他の所得と分離して課税すると言うことです。ですので青色申告の赤字と株の収入は合算することができません。
②青申で支払った所得税は返還されますか?

赤字ですので既に払った事業分の税金は通常、還付されると思いますが、ただ、一般口座での株式の収入に対する税金が未納の状態ですので、この分の税金を追加して払わなければなりません。
確定申告すると既に納めてある税金（ご質問者様でいう事業分の源泉所得税等）から株式等の収入に対する納めるべき税金を差し引いて、既に納めている税金の方が確定した税金より多ければ還付されます。また不足があれば、還付ではなく追加して払わなければなりません。

③2018年から配偶者特別控除のシステムが変わりますが、来年2月に行う確定申告から2017年の所得が適用になるのでしょうか?

違います。２０１８年の所得からとなります。確定申告でいうと２０１９年の３／１５期限のものになります。

一つずつ丁寧に答えてくださりありがとうございました。とてもよくわかりました。今年は税金たくさん払う羽目になりそうです。。。。

度々、申し訳ありません。現在扶養に入っているのですが、来年は入ることが出来ないのでしょうか?
38万円以上あると入ることが出来ないと読みました。
所得税、市県民税、年金、国保、それぞれいくらくらい払うのでしょうか?
(広島市です)

社会保険の扶養については、ご主人の入っていらっしゃる保険組合によると思います。
株式などの一時的な所得は除外されることもありますので、確認してみてください。
株式売却益１００万円には所得税等１５．３１５％（153,150円）　住民税５％（50,000円）
の税金がかかります。国民年金は２９年度は16,490円かと存じます。国民健康保険は申し訳ありません。専門ではないのでわかりかねます。
広島市の国保計算サイト↓です。ご参考になれば幸いです。
http://www.city.hiroshima.lg.jp/www/contents/1129185277964/index.html#download

ありがとうございます。該当する組合に問い合わせたいと思います。