16歳未満の扶養親族について

回答します。
配偶者のメリットは、専従者給与に税金がかかる場合だと、専従者も税金がかからないところだと思います。
住民税の非課税メリットは、世帯全体の所得が非課税となる、住民税非課税世帯の場合だと思います。

専従者給与に税金がかかると専従者は非課税というのはどういうことでしょうか？

住民税については夫婦それぞれの所得にかかるという認識でしたが非課税世帯じゃない限りは妻が所得が少なくても妻にも税金がかかるということですか？
均等割、所得割それぞれの非課税になる計算の控除にこどもの扶養の人数分の控除があるので、妻の青色専従者給与や雑所得が大きくなってもこどもたちを妻の扶養欄に記載できれば安心かと思ったのですがどうでしょうか。

青色専従者が提出する給与所得者の扶養控除等申告書の一番下に16歳未満の扶養親族記載欄があります。
世帯主ではない専従者でも記入はできますか？

可笑しな言い回しを記載して申し訳ありません。
配偶者が専従者で、その専従者に税金がかかる場合、扶養を入れたら、専従者に税金がかからないということです。
個人事業主の所得が専従者給与によって、税金がかからなくなれば、専従者に16才未満の子供を扶養に入れることで専従者の住民税の負担も減少します。
扶養に関しては、誰の扶養にするかは、申告によって決めます。その申告は扶養控除申告書であり、確定申告書も該当します。
このため扶養控除申告書で子供を専従者の扶養にすると申告すれば、それで問題はありません。