住宅取得等資金の非課税について

住宅取得資金の借入が、２口になるということでしょうか？
住宅取得等資金は、住宅取得等の対価に充てる必要があります。
なお、繰り上げ返済は、住宅取得等の対価ではありません。

説明が不足しておりました。申し訳ございませんでした。
金融機関と3000万円の住宅ローンを結んだ後に、直系尊属から住宅取得資金の特例に充てるべく500万円の贈与があった場合に、金融機関からは年末残高証明書は3000万円で来てしまいますが、実際には500万円は「その全てを充てる贈与」であるならば、年内に繰り上げ返済を行って、年末残高証を2500万円にしておかないと、確定申告の際に控除のズレが生じてしまうと思ったのですが、どの様に対処したら良いか教えて下さい。

状況としては、3,000万円の住宅を取得する。
その資金として、銀行ローンが3,000万円、贈与が500万円なので、500万円余るため、繰り上げ返済をする必要があるかどうか。だとします。

贈与資金500万円は住宅取得の支払いに充てる必要があります。
残額の2,500万円の支払いは、銀行ローンから行う。

ローンの残額は、繰り上げ返済して利息を減らしたいと考えることが多いと思いますが、その辺りは任意です。

ちなみに、所得税のローン控除の計算においては、贈与を先取りします。
すると、住宅の対価－贈与資金がローン控除の対象額。
これとローン残高の比較で少ない方の金額を基にローン控除の計算を行います。
3,000万円－500万円＝2,500万円　
2,500万円＜ローン残高3,000万円
ローン控除の対象金額は、2,500万円。

なお、混乱の基になるかもしれませんが、贈与資金500万円以外に贈与がないとした場合。
贈与税の基礎控除110万円がありますので、390万円を住宅代金に支払い、390万円分の非課税を受ければ、贈与税はかかりません。
付け加えると、610万円の贈与を受けて500万円を住宅に支払えば、110万円分は基礎控除があるため、贈与税はかかりません。
これらは、１つの贈与税申告書に書いてみていただければ、お分かりになると思います。
または、国税庁のホームページのトップページ、申告手続のところの「確定申告書等作成コーナー」から入り、「令和３年分 贈与税の申告書作成コーナー 」で申告書を作成してみることもできます。