住宅ローン控除における補助金控除割合について（ペアローン・共有名義）
新築住宅について、夫婦でペアローンを組み、それぞれで住宅ローン控除を受けようと、2026年3月にe-taxにてそれぞれ確定申告を提出しました。手続きが滞っているのか、2人分ともに全く連絡・還付金振り込みがないため、本日担当の税務署に電話したところ、私のほうの確定申告書にある「国から受けた補助金額」を修正するように指示されましたが、納得がいきません。
【確定申告時の入力内容】
・補助金詳細：子育てグリーン住宅支援事業（世帯で80万円受け取りました）
・e-tax入力時、持分と取得価格割合に合わせて記入するよう書かれていたため、夫6（48万円）私4（32万円）で入力しました。
【本日言われた修正指示内容】
・私のほうに補助金の全額80万円と記載してください
・夫の方は補助金額を修正してもしなくても控除額が変わらないため、私のほうだけ修正してください
【状況】
・建物持分：夫6割、妻4割
・取得価額：持分割合に応じて按分し、e-taxにてそれぞれ記載
・住宅ローン：ペアローン（夫6割、妻4割）
【質問内容】
もし税務署の言う通りに修正した場合、
・夫：補助金を48万円（60%）反映
・妻：補助金を80万円（100%）反映
のような状態になり、世帯全体で補助金を二重計上しているように思え、整合性に疑問があります。
なお、補助金の交付申請はハウスメーカー経由で行われ、共同事業者欄には夫の名前のみ記載されていました。
この場合、
① 補助金は共有持分割合で按分するべきか
② 申請名義人100%で処理するべきか
③ 税務署の説明のような処理は制度上整合するのか
をご教示いただきたいです。
どうぞよろしくお願いします。
税理士の回答
税務署の主張は正しいです。
住宅借入金等特別控除の計算明細書を見てください。
家の値段がウに記載され、そこから補助金がエで引かれますよね。
その結果がオに来るわけですが、共有持分は、その後の①～④で計算されるのです。
つまり、素の家の値段を元に住宅借入金等特別控除は計算しますが、それは、④の金額だという事です。
仮に１０００万の家を立てた場合、補助金が無ければ６：４ならば６００万と４００万に分けられる訳ですが、補助金が仮に１００万あれば、素の値段は９００万円になりますから、住宅借入金等特別控除対象は、９００万円の６：４、５４０万と３６０万ということになります。
一般的に、住宅の補助金は、人では無く、家におりますから、この計算です。過去に、人におりる住宅エコポイントというものがありましたが、この場合には計算が違うことがありましたが、現在は上記の通りですよ。
本投稿は、2026年05月21日 17時57分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。
