確定申告で家賃滞納を所得として扱わないためにはどうしたら良いでしょうか（住宅・店舗両方）。

家賃の入金が遅れていても、賃貸契約上で家賃を受け取れる権利が確定している場合には、その年の収入として申告する必要があります。
そして、万一、回収が出来なくなった場合には、回収が出来なくなった年の経費として処理することになります。
早く立ち退いて頂き、回収・未回収の額を明らかにするのが望ましいと思います。
宜しくお願いします。

お返事頂きありがとうございました。
不動産屋に動いてもらうように致します。

それが宜しいと思います。
年内に滞納家賃の回収不能が確定すれば今年の不動産所得で経費処理することができます。
宜しくお願いします。