住民票を移しておりません。源泉徴収住所とふるさと納税の住所が異なります。高額医療確定申告は？

会社の年末調整で書類に居住地（A県A市）を記載したからと言って、住民税がその住所で計算されるとは限りません。
特にこだわりがないのであれば、住民票住所（B県B市）で給与支払報告書を会社に提出してもらったほうが、ふるさと納税や医療費控除の確定申告でややこしくならないと思いますよ。

早速ご回答いただきましてありがとうございます。

会社に、住民税住所（B県B市）で申請を依頼いたしましたところ、断られてしまいました。

このまま給料明細報告書を居住地A県A市のままでも問題ございませんでしょうか？

そのような対応をされる会社もあるのですね。
問題は無いと思います。
今回は医療費控除で確定申告を住民票住所で行うため、最終的には住民票住所にて住民税の計算がされます。
なお、ワンストップ特例制度は確定申告をする場合は利用できませんので、医療費控除の申告の際にふるさと納税の寄付額の記載を忘れないように注意です。

ワンストップ特例制度は今回適用されないんですね。既に実施してしまっておりますが、再度確定申告をしなければいけないと言うことですね。
こちらの件、存じておりませんでしたのでお教えいただきありがとうございます。

医療費控除の際、併せてふるさと納税分も実施いたします。

ご回答いただきましてありがとうございました。