確定申告の予定納税について

ご質問文にあります還付金95,034円は、源泉徴収されていた税金でしょうか。給与(415,000円) の源泉税としては金額が多く感じますが、何か原因があったのでしょうか。
還付金の額が正しく、予定納税の記載が誤りであれば、還付される金額は95,034円になると思われます。

①平成29年度の給料が月415000円
②年末調整をしなかったか、医療費控除をしたかったからか、何かの理由で、平29年分の確定申告をした。
③還付金は95034円となったが、予定納税に50000とかいたため、還付されたのは、45034円だった。
…で、よろしいですか？

予定納税50000は、本来ゼロなのですね。
その場合、還付金は95034円です。
更正の請求という手続きで、追加で50000円の還付が受け取れます。
手続き方法は、更正の請求と検索するか、税務署に問合せて、不明点ごありましたら、またご質問ください。