業務委託契約主が提出した支払調書の開示請求

　残念ですが、税務署では「支払調書」を含め他社（者）が提出した資料等の開示請求には応じられません。　
　また、提出の有無についても応えることはしません。
　万が一、開示も含め有無等を回答した場合には守秘義務違反となります。
　※「開示請求」は行政文書開示請求の対象となっている書類のみで、個々人の申告書や提出文書の開示は除かれています。

　そこで、どうしても「支払調書」の内容を確認したい場合は、店舗側に依頼するしかありませんが、支払調書は税務署への提出義務はあるものの、支払先に対して交付する義務はないため、お願いベースとなります。

税務署は開示してくれません。その内容についてはお店に頼んで教えてもらうしかありません。
ただ、支払調書の内容が不明でも、業務委託契約書、請負書、請求書、領収書などからご自身で管理している書類などから、ご自身で正しく計算した金額で確定申告されれば問題ないですよ。

「領収書などから」の「から」は誤字です。「領収書など」と読み替えてください。御免なさい。