確定申告における主・従たる給与所得の合算について

税額表の甲、乙で税額は違いますが、これはあくまで源泉徴収税額が違うだけです。
正しい年税額を計算するのは、確定申告ですが、ココでは甲、乙の区別はありません。合計の給与収入から給与所得控除後の所得を求め、所得控除等の所定の計算をして、正しい年税額を求めます。
甲、乙の区別は源泉徴収税額の計算だけで、年税額を求める場合は甲、乙の区別はしません。

給与所得の源泉徴収は、給与の支払い先が予め決められた甲、乙の税額表に基づき、給与の支払い時に天引きして、国に納付する制度です。
また、年末調整は、給与の支払い先が扶養控除等申告書を提出している税額表甲欄適用者のうち、年末まで勤務している者に対して、支払った給与の金額と本人から申告のあった各種所得控除の金額を基に所得税の精算を行う手続きで、他に収入がない者や医療費控除など年末調整で受けられない所得控除額などがない者は、確定申告する必要はありません。

しかし、給与を２箇所以上から貰っているために、税額表乙欄を適用されている場合は、年末調整による所得税の精算手続きが行われません。
ところで、所得税法では、１月から12月までに稼得した各種収入をそれぞれの計算方法（給与収入が２箇所以上ある場合は、すべての収入を合計したところで給与所得を再計算）により10種類の所得に区分して総所得金額を計算した上で、所得控除を差し引いて課税所得金額を算出、その金額を基に税率を掛けて税額を計算します。
その計算した税額から源泉徴収された税額を差し引いて税額の過不足を精算する手続きが確定申告です。
ということで、日本の税法では所得の多い人ほど高い税率が適用される超過累進税率が採用されていますので、あなたのように、給与を２箇所から貰っている人は、それぞれの給与収入だけで、税金の計算をしていますが、給与収入を合計して給与所得を計算することで、課税所得金額が多くなり、その結果高い税率が適用される場合が出てきます。

結論としては、税額表甲欄、乙欄は暫定的に源泉徴収する税額を算出する手段ですので、確定申告による所得税の精算確定手続きにおいては、その税額表の区分を入力する必要はなく単純に２箇所からの給与収入を合計して給与所得を計算することで、本来負担すべき税額を算出することになります。

また、所得控除は、２箇所給与のいずれか一方から控除するとものではなく、合計した給与所得（給与以外に所得のある人は総所得金額）から控除することになります。