税務署による昨年の確定申告申請ミスなのに修正ができないと言われた。

税金を多く納めすぎだったときは「更正の請求」ができますが、この更正の請求ができるのは、
①法律の規定に従っていなかった場合
②計算誤りがあった場合
のどちらかに該当している場合に限られます。

したがって、今回の申告誤りが①か②に該当しておれば、5年前の年分の更正の請求手続きができます。
なお、税務署員による誤指導という場合には、職権更正をしてもらえるかもしれませんので、所轄税務署で相談してください。

情報ありがとうございます。
税務署の情報によると、①と職権更正に該当すると思うのですが、以下について再確認させてください。

Q3. 配当金: 約373万円 <--ミス1: 申告分離課税のところを誤って総合課税として加算された。
給与 　: 約841万円
配当控除: 335,902円 <--ミス2:外国株に付かない配当控除が記入されていた。
税務署は、配当控除は外国株には付かないので修正されるべきものだが、総合課税を今から申告分離課税に変更できない。配当控除は、見なかったことにするから、このままにしてやるという言い分です。
誤って総合課税にされたため、住民税などが高額で課税され、同時に申請した医療費控除の還付金も減ったと思います。
現状のままと申告分離課税で再申請するのでは、どちらがどのくらい得になるでしょうか。
税務署にクレームしても、同じ理由で断る可能性が高いので本庁にクレームするのがいいでしょうか。
アドバイスよろしくお願いします。

Q4. >今回の申告誤りが①か②に該当しておれば、5年前の年分の更正の請求手続き
自分は、平成27年から29年が該当しますが、医療費控除をすでに申請済みなので、更正はできないと言われました。外国税控除を拒否したと判断されるため。
しかし、外国税控除の更正の請求は、平成23年12月の税制改正で適用範囲が広がったと思いますので確認したいです。上記の基本的なミスをする税務署は信用できませんので。本庁の電話相談ではOKとの回答でした。

以上、よろしくお願いいたします。

確定申告期間中は大勢の納税者が申告会場を訪れますので、昔のようにマンツーマンによる申告相談はできないようになっています。ですから、税務署のスタンスは「パソコンを利用して自己責任の下で申告書を作成してもらう。操作方法等で分からないところがあればポイント指導を行う」ということで運用しているようです。
ですから、誤指導と言われても困るということになると思います。
なお、本庁にクレームするかどうかはあなたの判断ですが、スピーディな問題の解決になるとは思えません。
例えば、①ご自身で更正の請求書を提出する、又は、②税務署ごとに配置されている納税者支援調整官に相談する、などの方法もありますので検討してください。
なお、具体的な税金の差額の計算は、国税庁ホームページの確定申告書等作成コーナーで試算してください。

ありがとうございます。
こちらの納税者支援調整官にコンタクトしてみます。
https://www.nta.go.jp/about/introduction/shokai/kiko/nozeishashien/tokyo.htm