海外在住者ですが日本で収入がある場合、税金の申告はどうなるのですか？

ご質問者様は日本の非居住者であり、業務は全てカナダで行っており、日本に恒久的施設はないということを前提としてご回答させて頂きます。

非居住者の方の場合の日本での納税義務や申告方法については、その所得の種類に応じて取扱いが異なってきます。

例えば、著作権の譲渡（使用料）であれば、日本側の支払者は原則として源泉徴収する義務があると考えられます。これらについては既に源泉されているため、質問者様が日本で確定申告をする必要はありません。源泉で課税は完結します。（※少し話がそれてしまいますが、日本とカナダの租税条約の適用により使用料の源泉税率を10%に減免できる可能性があります。）

一方で、源泉徴収されていないものもあるとのことですが、それらの所得は日本側で源泉徴収義務がないもの、つまり日本で納税義務がないため、確定申告も不要のものと考えられます（支払者が源泉徴収漏れをしている可能性も否定できませんが）。例えば、コンサルティングなどの役務提供を日本国外で提供している場合など日本側でそもそも源泉徴収義務がない所得の可能性があります。

上記の通り、所得の内容に応じて日本での源泉徴収義務があるかどうかが異なってきます。源泉徴収義務があれば源泉徴収されて、日本側での課税は完結しますので、質問者様が確定申告をする必要はありません。

なお、ご参考までに日本での不動産所得がある場合など一定のものについては、日本で確定申告をする必要がありますのでご留意ください。

以上、少しでも参考にして頂ければ幸いです。
宜しくお願い致します。