ストックオプション譲渡益と給料収入合算について

ご記載の文面だけでは判断しかねますが、税制非適格ストックオプションではありませんか？
税制非適格ストックオプションは、権利行使時にその時の株式の時価と行使価額の差額が給与所得とされ、行使により取得した株式を譲渡したときにご記載のような譲渡所得課税があります。
税務署がいうのは、権利行使時に生じる給与所得課税のことではないかと思います。
なお、税制適格ストックオプションであれば、株式売却時の譲渡所得課税のみになります。

前田様
お忙しい中、迅速なご回答有難うございます。
今調べましたが、税制適格ストックオプションでした。
譲渡益は分離課税で納めているにもかかわらず、給与所得課税は、給料所得と譲渡益と合算され計算されてしまうのでしょうか。2重に取られる感覚が残ります。
重ね重ねの質問で恐縮ですが、何卒宜しくお願い致します。

上場、非上場に関わらず株式の譲渡所得は申告分離課税ですので、給与所得と合算（総合課税）にはなりません。
以下の国税庁タックスアンサーの１（１）にも明記されています。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1463.htm
今一度、税務署の説明を求められた方がよろしいかと思います。

リンクの件有難うございます。
よく読んで、今一度税務署の担当者に聞いてみます。
この度は、ご丁寧なご回答くださいまして有難うございました。

税務署の担当者は税制非適格と思い込んでいるかもしれませんので、税制適格であることを証する書類を持っていかれた方がよろしいかと思います。

承知しました。
税制適格と税制非適格とでは、制度が大きく異なるのですね。勉強しておきます。
的確なアドバイス、有難うございました。