消費税確定申告について

決算とのご記載ですので営利法人という前提です。

来期に建物を販売した際に課税売上になりますか？

賃貸物件か販売目的物件かに関わらず、建物は課税売上、土地は非課税売上です。

消費税を確定申告する際に非課税売上に対する仕入に該当しますか？

仕入税額控除は資産を取得した事業年度で行います（既に今期の申告で済んでいる筈です）ので、来期の消費税申告には関係しません。
今期の消費税申告で課税売上対応としたのか非課税売上対応としたのかは、どうされたのでしょうか？
こちらはご質問の主旨がわかりませんので回答できません。

会社は株式会社です。
今期は非課税売上に対する仕入に該当すると言われました。

今期は非課税売上に対する仕入としたため、個別対応方式を一括比例配分方式に変更されました。

税理士か税務署に言われたのでしょうか？
具体的な状況がわかりませんので、具体的な状況で判断をされたと思われる税理士又は税務署とご相談ください。

平成17年11月10日の公表裁決事例をご参照ください。
「住宅として賃貸中の建物を譲渡目的で取得した場合には、仕入税額控除における個別対応方式では「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」に区分されると判断した事例」
裁決
「請求人は、本件各信託不動産（土地及び建物）に係る賃貸収入（住宅の貸付けに伴う賃貸収入）は、当該各不動産の取得に伴い付随的に生じたものにすぎず、当該各不動産の取得が当該各不動産の譲渡を目的とするものであることを妨げるものではないから、当該取得に係る課税仕入れは、消費税法第30条第2項第1号（個別対応方式）の適用に当たり、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」に区分されるべき旨主張する。しかしながら、請求人は、本件各信託不動産を、譲渡する目的だけでなく、その賃貸収入を得る目的を併せ持って取得したものであり、また、本件課税期間において、本件各信託不動産を取得した日から課税資産の譲渡等に該当しない当該各不動産に係る賃貸収入（住宅の貸付け）が生じている以上、本件各信託不動産に係る課税仕入れにつき、個別対応方式において、「課税資産の譲渡等にのみ要するもの」に区分することはできず、「課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの」に区分するのが相当であるから、請求人の主張には理由がない。」

販売目的の取得であっても、一時的に賃貸収入が生じると共通対応と裁決されたものです。