確定申告　社会保険料等の金額について

回答します。
支払った金額で申告してください。
そして、訂正後の源泉徴収票を請求してください。雇用主は従業員から源泉徴収票の請求があれば、提出する義務があります。
仮に出さないと言われたら、税務署に提出を拒まれていること、そして請求したい旨を申し出てください。
税務署から雇用主に対し源泉徴収票を提出するよう要請できます。

ご回答ありがとうございます。
ネットで調べると
「年末調整の訂正・修正期限は「源泉徴収票を発行するまで」 企業側で年末調整を修正できるのは、原則として「給与所得の源泉徴収票」を従業員に交付する前、かつ、「翌年1月末日まで」です。」
とありますが、現時点でも訂正した源泉徴収票は再発行できるのでしょうか？

今回の件は問題ないと考えます。
再調整は、源泉徴収税額に変更がある場合のことで、間に合わないときは、確定申告することになります。あなた様の場合は、途中で退社していますので、年末調整の対象ではありません。
そして、あなた様の場合は、昨年、社会保険料を要求されています。
会社が要求した保険料を払ったのに表示させないことは問題です。
参考として、あなた様は年末調整の対象ではありませんが、源泉徴収票の交付を要求する権利を持っています。極端な話ですが、会社に何枚も交付要求はできます。そこまでする方はいませんが、会社は交付義務があります。困ったら税務署で確定申告に必要なのでと話をしてみると良いです。