相続を税理士さんに依頼する際の通帳について

古い通帳のコピーは、最大10年前までのものを添付すればよいです。
本来は贈与税申告納税をすべきでしたが、お考えのとおり時効です。

　税務署の贈与税の徴収権の消滅時効は6年のため、相続開始日から遡及して6年分あれば問題ないと思います。しかし、通帳を納税者が提出する必要はありません。必要があれば税務署が質問検査権に基づき、取引履歴を銀行から収集します。あなたは手元にある通帳に基づいて、12年前の入金は贈与であるが、税務署の徴収権は時効が成立済である旨、応答して下さい。

まず、相続税の申告書に通帳のコピーを添付する義務はありません。任意で提出してもよいですが、必須の添付書類は相続税のチェックシート（国税庁HP）に記載がありますので、ご確認ください。
また、税務署が通帳の履歴を１０年調べるというのは、金融機関の帳簿保存義務が１０年しかないためです。しかし、金融機関が任意でそれ以上保存している場合や、反面調査などによって１０年以上前の預金の動きを把握することは当然ありえます。
ご質問のとおり贈与が１２年前に確実に履行されているのであれば、本来は１２年前に贈与税申告すべきでしたが、贈与税は時効（正式には除斥期間満了といいます）となります。
もし税務調査で指摘されたらその旨主張してください。