家族名義の口座を合算して新築マンションを購入する場合の注意点

お母様名義の預金と息子様名義の預金が、それぞれご本人の真の財産といえるか、それとも名義預金とみなさるかを、明確にしておくことが必要かと思います。
お母様名義の預金は家計から貯めたものとのことですが、①実際に管理支配していた方がお父様ということですと真の所有者は依然としてお父様となります。②そうでなく、お母様に毎年贈与されたもので、その預金はお母様が管理支配し自由に出し入れしていたものであれば、お母様の預金となります。
息子様名義の預金はお父様が開設したもので贈与の手続きはとられていないとのことですので、お父様の預金とみなされます。

従って、A.の場合については次のように考えます。
・お母様の預金が上記の①の場合には、お母様名義で購入される部分についてはお父様からお母様への贈与、息子様名義で購入される部分については、お父様から息子様への贈与があったものとされ、贈与税の課税の対象となります。
ただし、マンションがお母様の居住用の物件であれば、一定条件の基で「贈与税の配偶者控除」が、同様に息子様の居住用の物件であれば、一定条件の基で「住宅取得等資金贈与の非課税」の適用を受けることが可能です。
・お母様の預金が上記の②の場合には、お母様名義で購入される部分については問題なく、息子様名義で購入される部分については、お父様から息子様への贈与があったものとされ、贈与税の課税の対象となります。特例適用につきましては前述の通りです。

B.の場合については次のように考えます。
・お母様の預金が上記の①の場合には、もともとお父様の預金でお父様がマンションを購入することになりますので贈与等の問題は生じません。
・お母様の預金が上記の②の場合には、お母様からお父様への贈与の問題が生じます。ただし、マンションがお父様の居住用の物件であれば、一定条件の基で「贈与税の配偶者控除」が適用できます。息子様名義の預金はお父様の預金と考えますのでこちらは問題ありません。

以上のように、今までの預金形成の経緯がどうであったかで判断が異なってきますので、まずはその点を明確にしておくことが必要です。そのうえで、事実と書類を統一し、贈与税の非課税の特例を活用することが必要と考えます。
以上、ご参考になれば幸いです。

しばらくログインが出来ず、御礼が遅くなり、大変失礼いたしました。丁寧なご回答、ありがとうございました。大変良く理解できました。
一点、逆に息子名義の預金について、これが息子本人の財産ではないという証明が難しいのですが（例えばインタネットバンキングを設定する際に、父親はネットを使わないので、息子のメールアドレスを使用していたりします）、父親名義のマンション購入に充てる際に何か問題になる可能性はあるのでしょうか。

ご連絡ありがとうございます。
息子さん名義の口座開設をお父様がされたと書かれていましたが、口座開設、その後の資金移動、口座の管理支配、全てにおいて息子さんが関わってないということであれば、お父様の預金と考えて良いと思いますので問題はないと考えます。
しかし、表面的には子名義の預金から父名義のマンション代金に充てられたと見えるかもしれませんので、口座開設から今日に至るまでの経緯と事実関係を明確にしておくことが必要と思われます。
宜しくお願いします。

迅速かつ丁寧なご回答、ありがとうございました。
大変よく分かりました。