母親と共有名義の不動産売買代金を私の借金返済（母親は連帯保証人）にあてるとどうなりますか？

不動産の売却代金は共有持分に応じて配分する必要があります。従って、お母様が受け取るべき金額を、相談者様の借入金の返済に充てた場合には、お母様から相談者様へ贈与があったものとみなされますのでご注意ください。

また、ご自宅を譲渡したことにより譲渡益が生じる場合には、譲渡所得税が課されます。ご自宅の譲渡に関しては「居住用財産の3000万円特別控除の特例」がありますが、この特例は「家屋」の所有者が適用出来るものとなっています。
つまり、家屋の持分がない場合（敷地のみが共有の場合）には、原則として家屋の持分がない人に対してこの特例を適用することができません。ただし、土地のみを所有（共有）する人が、特例が適用される家屋の所有者と「生計を一にする同居親族」であり、その家屋とともに敷地を譲渡した場合には、家屋の所有者から控除し切れなかった残額分に限りこの特例を適用することができます。
お母様がこの要件に該当すれば特別控除の可能性がでてまいりますので、事実関係をご確認のうえ、ご検討いただければと思います。
宜しくお願いします。