土地の無償返還の届け出のある土地は、借地法上の借地権があるのでしょうか？

相続財産であるお母様の土地を、どのように相続税の評価をするかの問題となります。
土地を会社に貸して、相当の地代をもらっていれば、貸地のため土地の評価を少なくすることができます。
しかし、今回のケースは、会社に使用貸借(無償または無償に近い賃料)とすれば、土地の評価はそのままで、結果として相続税が増える結果となります。

実際に、相続があり、分割協議は成立してしまっているのでしょうか？
下記の通り、おっしゃる不公平は、一つの相続の中で同時に発生することはありません。
それとも、お母様も同族会社の株主ですか？

①お母様が亡くなった際のお母様を被相続人とする相続において、
・その土地は、お母様の遺産として更地として評価される。
・借地人である同族会社の株式は、お母様の遺産ではないので関係ない。

②お父様が亡くなった際のお父様を被相続人とする相続において、
・その土地は、お父様の遺産ではないので関係ない。
・借地人である同族会社の株式は、お父様の遺産として、借地権ゼロで評価される。

何れにしても、遺産分割に関するご相談は、弁護士の業務であり、税理士は業務として行うことはできません。（弁護士法第72条）
税法上の取扱は、ご相談者様のご認識のとおりですので、どのように分割するかは、弁護士にご相談ください。

相続税の評価額は高いけど、借地権のある底地の評価は低く、相続が不公平ということでしょうか。
考え方によっては、相当の地代をもらえば、立派な収益物件と思います。

おそらく、法人は個人地主の同族会社となりますね。であれば、本来、無償返還届が出されていれば、税務上、借地権の評価はゼロ、となりますが、この場合は、株式の評価に更地評価の20％あるものとして評価されます。（相当の地代通達8）

相続税申告が必要であれば、土地、株式の評価が適切にされているか、ご確認いただいてもよろしいのかと存じます。これから申告、であれば、評価にあたってご確認いただけますと幸いです。

さて、税務上は、借地の評価は20％と低いものとなりますが、争いがおこり、法人が借地権を主張すれば借地を取得するとも思われます。ただ、兄弟間でそのような争いは起きないのではないでしょうか。

であれば、法人が所有する建物を取り壊せば更地として利用できますし。
法人が所有する建物を、借地権無し、建物単独の時価で地主に譲渡すればよいのではないでしょうか。

その場合、税務上、借地権は生じず、無償で返還するものと届けたとおりに無償で返還するのですから、課税関係は生じません。

相続時に土地を取得した方が、相続時、更地評価の税務負担をした。
それが実際に、無償で更地状態になることになります。

税務上の同族会社が無償返還の届け出をしたとはいえ、借地評価を20％とされているのは、すぐには建物を取り壊しするわけでは無いですし、土地を自由に利用できない、また、本来得られる地代収入を得ていないことに対する対価として、適切な税負担となっているのかと存じます。

たくさん、教えていただきありがとうございます。
ベストアンサーの方に、（これ以上無償は失礼かと思いますので）個別に連絡を取らせていただきいます。