相続時精算課税の適用を受ける贈与財産と相続開始前三年以内の贈与財産について

いわゆる相続開始前３年以内の贈与財産の価額とは、相続開始前3年以内にその被相続人からの「暦年課税」に係る贈与によって取得した財産の価額をいいます。
ですから、「相続時精算課税」に係る贈与財産の分が両方に算入されるということはないと思われます。

国税庁ＨＰ　No.4152 相続税の計算
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4152.htm

　　相続時清算課税を選択した受贈財産は、その受贈時期が相続開始前3年以内であったとしても、相続開始前3年以内の贈与として相続財産に加算されることはなく、相続時清算課税適用財産として相続財産に加算されます。したがって、質問者の方が懸念されるような両方に算入されるといったことはありません。