二世帯住宅への建て替えに関して（相続税・贈与税など）

最初に二世帯住宅の名義等の件です。
まず新築する二世帯住宅の建築資金をご主人が負担（借入）なさる以上は、その家屋の名義はご主人にするべきです（むろん登記もご主人名義）。
次に、ローンをどこで組むかという問題です。まずお母さんの家には残債がある以上、この融資をした金融機関を利用するのが一番と思います。したがってこうした事情をご説明なさればしかるべき提案がなされると思います。しかし都合により「そこは利用したくない]
というのであれば、新たな金融機関から800万円の肩代わり資金を同時に借りる（むろん債務者はお母さん）ことになりましょう。
　いずれにしても、4,000万円の借入者はご主人、800万円の残債の債務者はお母さん、という区分をしっかり守る必要があります。これをごっちゃにすると、贈与税の問題が出てきます。また利用する金融機関は１カ所でないとうまくいかないと思います（抵当権の順位等で面倒になります）。
　なお土地（二世帯住宅の敷地）の名義は、お母さんのままで何の問題もありません。
　さて二つ目のお姉さんの了解の問題です。まずご親族の関係は円満が何よりです。したがってお姉さんが将来妙なことを言い出す可能性がないのであれば、お母さんを含めた形での口頭の了解程度でいいように思います（「土地の相続権は主張しない」といったメモを書いていただければ最高）。
　しかし「それでは不安」というのであれば、お母さんに「長男に全財産を相続させる」「○○の土地は長男に相続させる」といった内容の、自筆証書遺言を書いておいてもらうことをお勧めします。書き方は市販の本（ネットでもＯＫ）を読めばすぐ分かります。　ただし「お姉さんが何を言い出すかが本当に心配」であるならば、公正証書遺言の方が安心といえましょう。
　なおご質問の中に「公的な文書を交わす」とありましたが、そうした公的な文書は存在しません。
　繰り返しますが、ご親族は円満が一番です。無用な心配により親族間に波風を立てるのは好ましくありません。とはいえ心配は心配です。この両者のバランスをいかに調整していくかが悩ましいところであろうと思います。

的確なアドバイスをありがとうございました。大変参考になりました。
恐縮ですが追加で質問したいことがあります。
主人の母が融資を受けている銀行に相談したところ、残債として銀行分が160万円と住宅金融支援機構分が570万円であることがわかり、住構は抵当を二重にできないらしく、570万円を完済して抵当権を抹消しない限り、建て直すこと自体ができないということでした。
母は現役で働いてはいますが昔と違ってもう金銭力がなく、銀行で借り換えということもできないようなので、住構の570万円分を主人が負担して完済することになりそうです。
その場合、通常だと贈与税がかかると思うのですが、貸すということにして借用書を作成しておけば、贈与税を払う必要はないのでしょうか？（母が働いている間だけでも少しずつ返済してもらう）
それと、このままでいくと家屋が主人の名義になり、土地は母の名義のままになりますが、土地の名義を母の生前に主人に変えておくのと、母が亡くなった時点で変えるのと、どちらの方が良いのでしょうか？
引き続き、どうぞよろしくお願いいたします。

お答えいたします。
最初に「570万円は貸すということにして借用書を作成しておけば、贈与税を払う必要がないか」というご質問です。
これについては、こちらから「貸すのですか。あるいは贈与するのですか」お尋ねいたします。ご意志が「貸す」（まわりのご家族もその認識）というのであれば、その後はできる範囲での返済を求めることになりましょう。そしてその事実が曖昧にならないように、借用書（利息の支払いは不要）も書いておくべきでしょう。
これらが事実であれば、贈与ではないため贈与税を払う必要はありません。さらにこれらを税務署が聞きつけて「調査する」などと言ってきても、事実をありのままの説明（とりわけ、住構が抵当を二重にできないといった、貸し・借りをする必要性があったという経緯の説明が重要）なされば、課税されることはないはずです。
一方、「贈与する」がご意志であれば、当然に贈与税の申告・納付が必要となります。ここで一番いけないのは、「貸すことにして…」といった形で、貸すのか贈与なのかを曖昧にしつつ、贈与の申告をしないままいつの間にか返済をうやむやにしてしまうということです。税務署はこれ嫌がります。したがってこうした状況を目にすると、意地悪な課税をしてくる可能性が出てくるわけです。
なお、貸借を行った場合に、途中で返済が不可能となればその金額のまま固定されることになります。その場合、後年にお母さんに相続が発生した場合には、それはお母さんが遺した債務ということになります。その意味にもこの債権・債務は明白にしておくべきでしょう（家族の円満の意味からも、お姉さんにも事実を知らせておく必要も）。
　次に、「土地の名義を生前に主人に変えておくのと、亡くなった時点とでどちらがいいか」というご質問です。
　これは特殊事情がない限り、明らかに亡くなった時点とすべきです。生前の変更であれば、高額な贈与税が課されます。亡くなった時点であればそれよりずっと税率の低い相続税となります（贈与税が課されない場合も少なくありません）。
　さらには名義変更のための登録免許税や不動産取得税の額も、数十万単位で違ってくるはずです。