TOB成立後に上場廃止の株式譲渡に係る税務調査で困ったことになりアドバイスをいただければ
今回、令和5年6月の、国税庁発表、”株式公開買付(TOB)成⽴後、上場廃止となった株式の買取りに係る所得税(株式等譲渡所得)の申告漏れ等について”に端を発する税務調査がありました。私は、知らなかった事とは言え、令和2年の確定申告で、損益通算して申告していた結果、所得税の過少申告となり、申告の修正を求められております。この際、件の株式の取得価額の確認方法について困った状況になりました。
件の株式は、2003年に取得したもので、手元に取引報告書や顧客勘定元帳がなく、証券会社にも問い合わせるつもりですが、高い確率で入手できそうにありません。そこで、国税庁のhttps://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1464.htmを参考にして、そこに記載の④番目の手法、株式異動証明書を発行してもらい、取得時期を明確にして、名義書換日の株価の終値により取得価額としたいと、税務署員に相談したところ、確定申告段階ならば可能な手法だが、今回のように税務調査が入った場合は、証券会社の取引報告書で証明できなければ採用できないといわれました。手元には、2003年当時の売買履歴をつけたエクセルデータもあり、上記④番目の情報と合わせれば、ほぼ100%株式取得価額を特定できると考えられるにもかかわらず使えないと言われていることに理解が及びません。このままでは、売却価格の95%を得た収益とされ、過剰な税金を支払わねばならなくなります。心情的には、損益通算のため、やる必要もなかった塩漬け株の損失も合わせると、情けないやら、悔しいやら・・・是非、有益なアドバイスを頂けると幸いです。宜しくお願いいたします。
税理士の回答

安島秀樹
あなたのとったやりかたでもいいように思います。修正するとあなたが認めたことになりますから、税務署の決定にしてもらって、不服申し立てなどで争ったらどうでしょうか。
安島さま
早速のアドバイスありがとうございます。”修正するとあなたが認めたことになりますから、税務署の決定にしてもらって”という部分は、何を、税務署の決定にしてもらえばよいでしょうか?こういうことは初めてなので、よくわかっておりません。例えば、95%収益を用いて”修正された”確定申告書は、税務署に作成してもらい、その確定申告書の取得原価部分の認定額について、国税不服審判所、などへ不服申し立てをするということでしょうか?
お手数をおかけしますが、具体的に、お教えいただけると幸いです。

安島秀樹
修正申告は税務署の言うとおりですということで、あとで不服申し立てなどはできません。税務署が決定して、金額を直したということなら、不服申し立てができます。国税庁のHPなどで調べてみてください。
ありがとうございます。よくわかりました。少なくとも修正申告をする際は、自分の主張に基づく金額での申告をすることにします。
本投稿は、2023年10月28日 09時37分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。